Den är Bergmans farväl till de stora religiösa frågeställningarna och skildrar hur prästen Tomas under upplevelsen av sina medmänniskors kval upplever Guds tystnad och förlorar sin tro. De lidande i hans närhet är framför allt lärarinnan Märta, olyckligt förälskad i Tomas, den suicidale fiskaren Jonas och dennes hustru, samt den grubblande kyrkvaktmästaren Algot.